Curso Herramientas Informáticas para el Estudio de Microbiomas
Objetivo General
Capacitar a los participantes en el dominio de las herramientas bioinformáticas avanzadas necesarias para investigar y comprender la complejidad de la microbiota en diversos entornos.
Objetivos específicos
Adquirir habilidades prácticas en la interpretación de datos de metagenomas, incluyendo la identificación de genes marcadores universales y la normalización de su abundancia para realizar comparaciones entre diferentes muestras microbianas.
Dominar técnicas especializadas para obtener y caracterizar genomas a partir de metagenomas, utilizando herramientas como el ensamblaje de genomas, la taxonomía de MAGs y la construcción de árboles filogenéticos, con el fin de comprender la diversidad y la evolución de los microorganismos en un contexto microbiológico.
Justificación
Curso diseñado para potenciar la comprensión de las herramientas bioinformáticas fundamentales para el estudio de la microbiota en diversos entornos., no solo basada en genes de referencia, como puede ser el gen 16S en el caso de bacterias y arqueas, si no que tiene en cuenta la totalidad de genes microbianos que pueden estar presentes, así como sus posibles funciones. Lo cual abre las puertas a una nueva dimensión de trabajo para diversas líneas de investigación.
Fecha de inicio: 25 de noviembre de 2024
Fecha de finalización: 29 de noviembre de 2024
Metodología: Clases teórico/prácticas
Modalidad: Presencial
Horario: Intensivo de Lunes a Viernes. El primer bloque será de 8:00 a.m. a 12:00 p.m., seguido de un receso para el almuerzo, y el segundo bloque será de 2:00 p.m. a 6:00 p.m.
Duración: 50 hrs docencia directa
Para mayor Información contáctate con:
- Ana Maria Espinel
- Cel: 3102331368
- Correo: ana.espinel1@unisabana.edu.co
500.000
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Ana Gutiérrez-Preciado
Investigadora postdoctoral en la Universidad Paris-Sud (Paris XI), ha realizado contribuciones significativas en una amplia gama de áreas, desde filogenómica hasta diversidad microbiana. Sus investigaciones han sido publicada en destacadas revistas científicas como Nature Microbiology, The ISME Journal y Systematic Biology. Ha participado en la descripción de nuevas especies microbianas, análisis de metagenomas, secuenciación de genomas, así como en la identificación de interacciones microbianas y adaptaciones a entornos extremos. Su trabajo ha sido fundamental para avanzar en nuestra comprensión de la ecología microbiana y la evolución de los microorganismos en diferentes hábitats.
¿Qué es un microbioma? (D1)
¿Quién vive en un microbioma? (D1)
- Breve introduccion a Metabarcoding (D1)
- Mas allá de la taxonomía: metagenómica (D2)
- Caracterizar los habitantes de un microbioma y su abundancia a partir de metagenomas (D2)
- Genes marcadores (Universal Single Copy Genes; USCGs)
- Normalizar la abundancia de los genes marcadores para poder comparar los habitantes entre distintos metagenomas: RPKMs
¿Qué hacen los habitantes de un microbioma? (D3)
Genes diagnostico para metabolismo microbiano: KEGG (D3)
Obtener genomas a partir de metagenomas (MAGs) (D3)
- Introducción (D3)
- Single assemblies: the different binning software (D4)
- Co-assemblies: the anvi'o pipeline (D4)